و چون همه ی لشکر مغول جمع شدند خان مغول هر رکنی از سپاه را به جانبی نامزد کرد: پسر بزرگتر را با چند تومان از سپاهیان چابک و توانا به سوی جَند و بارجلیغ کَنت فرستاد. گروهی از امیران سپاه را به سوی خُجند و فَناکت گسیل کرد و خان بزرگ مغول به سمت بخارا عازم شد. دو پسرش جغتای و اوکتای را بر سر لشکری گذاشت که اترار را محاصره کرده بودند. محاصره کنندگان اترا پنج ماه آن را در حصار داشتند و از جانب شهر هم مقاومت ها می شد تا جایی که؛ وقتی کار به پریشانی و ناچاری رسید قراجه، ارباب اترار غایر را زیر سوال می برد که چرا نباید به مغولان پیوست و شهر را به آن ها تسلیم کرد؟ غایر می دانست ریشه ی همه این آشوب ها خودش است و مطمئن بود در هر صورت جان سالم از این جنگ به در نمی برد و تسلیم او نیز مرگش است؛ هیچ راهی هم برای فرار از مهلکه پیدا نمی کرد پس بسیار بر این مقاومت و جنگیدن تلاش می کرد و اصلاً مصالحه را مصلحت نمی دانست، راضی به آن نمی شد و می گفت اگر با ولی نعمت مان سلطان خوارزمشاه بی وفایی کنیم برای این فریبکاری چه عذری خواهیم داشت؟ و از سرزنش مسلمان رهایی نداریم. ارباب اترار، قراجه دیگر به غایر اصراری نکرد و تا شب صبر کرد آن گاه، با اکثر لشکرش از سمت دروازه ی صوفی خانه بیرون رفت به سوی لشکر تاتار. تاتارها او را متوقف کردند و همراه گروهی از سرانش نزد شاهزادگان، پسران خان مغول، بردند.  شاهزادگان با قراجه و بقیه مدتی بحث کردند و پرسش و پاسخ ها رفت تا سرانجام گفتند تو با مخدوم خودت که وفا نکردی ما هم بر وفای تو امیدی نداریم و به آن دل نمی بندیم، پس قراجه و تمامی یاران او را کشتند و سپس تمامی مردان و زنان شهر اترار را مانند رمه  گوسفند از شهر بیرون راندند و هر چه از کالاها در شهر بود غارت کردند. غایر با بیست هزار مرد دلیر به حصار شهر پناه برد و دل به مرگ صاف کرد؛ آن گاه پنجاه نفر پنجاه نفر از حصار بیرون می آمدند و تا آخرین نفس با لشکر تاتار می جنگیدند و این مقاوت یک ماه به طول انجامید، در این مدت از سپاه مغول نیز بسیار کس کشته شدند. تا سرانجام دو نفر با غایر باقی ماندند. غایر همراه این دو نفر می جنگید و حاضر به تسلیم شدن نبود و چون فرمان بود که او را زنده دستگیر کنند مغولا ن هم به کشتن او اقدام نمی کردند تا آن که یاران غایر هم کشته شدند و دیگر نه سلاحی ماند و نه مردجنگی. آن گاه دختران از بالای بام حصار به او نیزه های کوچک می دادند تا آن که نیزه ای باقی نماند. لشکر مغول غایر را محاصره کرد، بعد از آن که او بسیار حمله کرد و تلاش نمود اسیر سپاه مغول شد و بر او بندهای سنگین گذاشتند و حصار و باره ی شهر را با خاک یکسان کردند و از مردمی که باقی ماندند گروهی را به سپاه مغول بردند تا در قشون باشند و گروهی را برای حرفه و صنعت با خود همراه کردند، در این زمان چنگیزخان از بخارا متوجه سمرقند نیز شد،  پس غایر را را در محل کوک سرای به دیار باقی فرستادند و برای فتح بخارا عازم شدند.