آیت اله دکتر سید محمد حسینی بهشتی در سال 1349 پس از سال‌ها مدیریت مرکز اسلامی هامبورگ به وطن بازگشت. پس از اقامت در تهران قطعه زمینی را در منطقه‌ی قلهک خریداری کرده و خانه‌ای در آن بنا کرد. ایشان تا هفتم تیر ماه سال 1360 در این خانه اقامت داشت. پس از شهادت آیت اله دکتر بهشتی شهرداری تهران براساس برنامه‌های توسعه فرهنگی شهر تهران و شناساندن افکار و اندیشه‌های آن شهید بزرگوار اقدام به تبدیل یادگار شهید بهشتی به یک مرکز فرهنگی کرد. 

این موزه در برگیرنده‌ی یادگارهایی از آن شهید و یادآوری‌هایی از روزهای انقلاب و شخصیت‌های آن دوران است. فضای موزه در طبقه هم‌کف در بخش هم‌کف موزه، فضای شورای انقلاب اسلامی بازسازی شده و به ایجاد حس فضایی شورا که به فرمان حضرت امام خمینی با همکاری آقایان مرتضی مطهری، محمد جواد باهنر، محمد رضا مهدوی کنی، سید عبدالکریم موسوی اردبیلی و چند تن دیگر از بزرگان تشکیل می‌شد، پرداخته شده است. در این بخش هم‌چنین کتاب‌خانه شخصی ایشان با محتوای قرآنی، دینی، فلسفه و اخلاق، جامعه شناسی و حتی فیزیک و زیست شناسی و علوم تجربی احیا شده است. در ادامه ی این فضا، ورود به گالری تصاویر رو داریم که شامل تصاویر حزب جمهوری اسلامی، سفر به پاریس، دستگیری و بازداشت توسط ساواک، سفر به ترکیه، لبنان و سوریه، سفر به هامبورگ و تأسیس مرکز تحقیقات اسلامی، تأسیس دبیرستان دین و دانش، جلسات گفتار ماه، مدرسه‌ی حجتیه، مدرسه‌ی صدر، تولد و شجره نامه ایست که اصالت آن تا امام زین العابدین می‌رسد. فضای پژوهشکده و نشر اندیشه‌ها در طبقه‌ی اول این بخش از موزه، دارای بانک اطلاعاتی جامع، از روزنامه‌ها، اعلامیه‌ها، اسناد محرمانه و … است.