پوشش گياهي
در پارك ملي خجير 35 جامعه گياهي متشكل از جوامع طبيعي، نيمه طبيعي و فرهنگي – زراعي وجود دارند. علاوه بر گونه‌هاي نادري كه در پارك ملي سرخه حصار ديده مي‌شود، گونه‌هاي گياهي نادر ديگري نظير زيره سياه، Michauxia laevigata و Cuphalorryhynchus brassisifolius را مي‌توان نام برد كه در اين پارك رويش يافته‌اند.
از گونه‌هاي دارويي، صنعتي و خوراكي مشخص پارك ملي خجير مي‌توان به موارد ذيل اشاره كرد: بابونه، سيرش زرين، باريحه، ريواس، پياز صورتي، جاشير كوتوله، باديان كوهي، زيره سياه، شنگ، تلخ بيان، شير خشت، پيچك قندروني، Haplophyllum perforatum بخش دشتي باغشاد با ارتفاع 1420 متر شامل گياهاني نظير درمنه، انواع گون، چوبك و اسفند است و اشكوب فوقاني كوه ها درختاني مانند بنه، بادام خارآلود، ارس، نسترن است و اصولا تيپ پوشش گياهي ارتفاعات بالاي كوه منطقه، Artemisia و Stipa  است.

حيات وحش
پستانداران
منابع آب كافي، پناهگاه زياد و پوشش گياهي متناسب با نياز گونه‌ها مجموعا زيستگاه مناسبي در پارك خجیر فراهم كرده است. پارك ملي خجیر گرچه به دليل عوامل تنش‌زاي زياد دست‌خوش تغييرات قرار گرفته اما همچنان از اهميتي خاصي برخوردار است.
نكته مهم اينكه پستانداران‌ به‌ علت‌ وابستگي‌ شديدي‌ كه‌ به‌ زيستگاه‌ خود دارند اغلب‌ به‌ عنوان‌ معرف‌ زيستگاه‌ معرفي‌ مي‌گردند، از طرف‌ ديگر همين‌ وابستگي‌ به‌ زيستگاه‌ باعث‌ گرديده‌ است‌ تا آنها در مقابل‌ تخريب‌هاي‌ ايجاد شده‌ در زيستگاه‌ حساسيت‌ بيشتري‌ از خود نشان‌دهند. از طرف‌ ديگر به‌ علت‌ قطع‌ ارتباط اين‌ مجموعه‌ با مناطق‌ همجوار خود به‌ صورت‌ جزيره‌اي‌‌ شده‌ و ‌پستانداران‌ اين‌ منطقه‌ در رابطه با مهاجرت‌ها و جابجایي‌هاي‌ عادي‌ فصلي‌ خود دچار مشكل نموده است.
تعداد گونه‌هاي‌ موجود در هر يك‌ از راسته‌ها به‌ شرح‌ زير است‌:
3گونه‌ از راسته‌ حشره‌‌خواران‌ Erinaceidae (خارپشت‌ اروپائي‌،حشره‌ خور دورنگ‌، حشره‌ خور دندان‌سفيد)
5گونه‌ از راسته‌ خفاش‌ها Chiropter (خفاش‌ بال‌سفيد، خفاش سبيل‌دار، خفاش‌گوش‌موشي‌كوچك، خفاش‌ گوش‌پهن، خفاش‌ دم‌ آزاد اروپایي)
16 گونه‌ از راسته‌ جوندگان Rodentia(تشي‌، موش‌صحرائي، موش‌ قهوه‌اي‌، موش سياه، موش خانگي، موش‌ ورامين، هامستر دم دراز، هامستر خاكستري، جرد ايراني، جرد ليبي، ول‌ آبزي، ول‌ اجتماعي، ول‌ معمولي‌، ول‌ حفار افغاني، دوپاي‌ كوچك‌، دوپاي‌ ناشناخته)
1 گونه‌ از راسته‌ خرگوش‌ها Lagomorpha(خرگوش)‌‌
9 گونه‌ از راسته‌ گوشت‌خواران‌ Carnivora (گرگ، شغال، روباه‌ معمولي، سمور، رودك، شنگ، كفتار، گربه‌ وحشي، پلنگ )‌
4 گونه‌ از راسته‌ زوج‌ سمان‌ Artiodactyla (گراز، پازن، قوچ‌ وحشي، آهو)

پرندگان
پارك‌ خجیر به‌ علت‌ دارا بودن‌ زيستگاه هاي‌ مختلف‌ اعم‌ از رودخانه‌، كوهستان‌، استپ‌، دارستان‌، كشت‌زار، باغات‌ و همچنين‌ قرار گرفتن‌ در مسير مهاجرت‌ تعداد زيادي‌ از گونه‌هاي‌ مهاجر از موقعيت‌ بسيارخوبي‌ جهت‌ زندگي‌ پرندگان‌ برخوردار است و به‌ همين‌ دليل‌ گونه‌هاي‌ متنوعي‌ ازپرندگان‌ در زيستگاه‌هاي‌ مختلف‌ آن‌ مشاهده‌ مي‌گردند.

خزندگان
خزندگان در پارك‌هاي‌ ملي خجير و سرخه‌ حصار و منطقه‌ حفاظت‌ شده‌ جاجرود تعداد 27 گونه‌ خزنده‌ در منطقه‌ مورد مطالعه‌ شناسائي‌ گرديده‌اند كه‌ شامل‌ 9 گونه‌ از راسته‌ سوسمارها 17 گونه‌ ازراسته‌ مارها و يك‌ گونه‌ لاك‌ پشت‌ مي‌باشد.
گونه‌ شاخص‌ منطقه بزمجه‌ بياباني‌ تعيين گرديده است و البته‌ در منطقه‌ گونه‌هاي‌ با اهميت‌ ديگري‌ نظير لاك‌پشت‌ مهميزدار غربي‌Testudo graeca ibera  وجود دارد كه‌ علاوه‌ بر اينكه‌ حمايت‌ شده‌ مي‌باشد درطبقه‌بندي‌  IUCNنيز تحت‌ عنوان‌ آسيب‌پذير Valnerble قرار دارد. ساير گونه‌ هاي با اهميت‌ ديگر از قبيل افعي‌ البرزي‌ Vipera ursine ، افعي شاخ‌دار، بزمجه دشتي در منطقه وجود دارند كه در ليست‌ IUCN به عنوان گونه‌هاي در معرض‌ خطر انقراض‌ Endangered هستند.

دوزيستان
در پارك‌هاي‌ ملي خجير و سرخه‌ حصار و منطقه‌ حفاظت‌ شده‌ جاجرود دو گونه‌ دوزيست‌ به نام‌ وزغ‌ سبز Bufo viridis و قورباغه‌ معمولي‌ Rama ridibunda ‌زندگي‌ مي‌كنند.

زمان يا فصل بازديد از منطقه و وضعيت منطقه در فصول مختلف:
زمان بازديد در منطقه مي‌بايست با در نظر گرفتن فصل زادآوري و توليد مثل حيات وحش منطقه يعني اوايل تيرماه تا اوايل آبان ماه باشد و بازديدها مي بايست در مسيرهاي تعيين شده صورت گيرد.

برگرفته از سایت بیابانها و کویرهای ایران