این بنا دارای سه طبقه است که با معماری سنتی اسلامی ایجاد شده و دارای بخش‌های مختلف است.

سالن آمفی تئاتر با گنجایش چهارصد نفر سرسرای اصلی موزه قرآن و کتب خطی نفیس و گالری‌ها از بخش‌های مختلف موزه ملی قرآن کریم هستند. 

این موزه هم چنین دارای یک کتاب‌خانه‌ی تخصصی با مجموعه‌ای بسیار غنی در زمینه کتب مرجع و علوم قرآنی در سه طبقه و به وسعت 465 مترمربع است که در حال حاضر 3500 نسخه کتاب در آن قرار داده شده و قرار است در آینده تا نزدیک 40 هزار کتاب در آن گنجانده شود و خدمات این کتاب‌خانه نیز با سیستم باز و به روش LC ارائه خواهد شد.

تالار امانات نشریات، تالار مطالعه و مخزن، نمازخانه، سالن سمعی و بصری، محل فروش نشریات و تولیدات فرهنگی، فضاهای مختص پذیرایی و استراحت، آمفی تئاتر روباز از دیگر بخش‌های موزه ملی قرآن کریم است.

ویژگی‌های معماری:

در معماری این مجموعه «هندسه و سازه» نقش اصلی را ایفا می‌کند. عامل هندسه به‌ ویژه در طراحی سرسرای اصلی نقش بسیار مسلط و نمایانی دارد. عامل سازه نیز با استفاده ماهرانه از اشکال هندسی در ساختن سقف‌ها (به‌ویژه کتاب‌خانه) و سالن اصلی و سقف و دیوارها (به‌ ویژه در آمفی‌تئاتر) نمونه جالبی از کاربرد عناصر سازه‌ای در طراحی معماری این مجموعه به‌ شمار می‌رود.

تلاش برای استفاده از نور و روشنایی طبیعی، از طریق تعبیه نورگیرها در بام مجموعه سبب شده سرسرا و کتاب‌خانه، بخش‌هایی از موزه و نمایشگاه‌ها و قسمت اداری تا اندازه مطلوبی از نور بهره‌مند شوند.

در انتخاب مصالح، دوام زیاد، کاهش میزان نیاز به رنگ‌آمیزی و تعمیر و نگه‌داری با امکانات موجود و توجه به اهمیت نماهای داخلی (در بنایی که نمای خارجی ندارد) معیارهای اصلی بوده‌اند و به همین جهت در قسمت اعظم بنا از آجرنما و بتن نمایان (بتن تیشه‌ای با سیمان سفید) استفاده شده است.

ذوق و سلیقه خوب در انتخاب مواد مصالح و اجرای دقیق کار (تا آن‌جا که ممکن بود) با استفاده از صناعت و مهارت استادکاران ایرانی در آجرکاری، کاشی‌کاری، نجاری، سنگ‌کاری و ... به زیبایی فضاها و ایجاد احساس خوشایند ناشی از حضور در یک مکان مهم و عمومی فرهنگی کمک بسیار کرده است.