موزه‌ی هنرهای دینی امام علی (ع) در گروه موزه‌های هنری و مجموعه‌های هنر مدرن و معاصر (International  Committee For Museums & Collections of Modern Art) قرار می‌گیرد. این موزه به عنوان یکی از موزه‌های مطرح و اثربخش هنرهای تجسمی ایران قلمداد شده است. در این موزه همان گونه که از نامش هویداست تاکید و تمرکز بر روی مجموعه‌ای از آثار موضوعی با مضامین مذهبی و دینی است. بیشتر آثار هنری این موزه در عرصه هنرهای تجسمی شامل نقاشی‌های خیالی‌نگاری، نقاشی معاصر، آثار حجمی، تصویرسازی، عکس و خوشنویسی است و معدود آثاری هم شامل جلدهای لاکی، مرقع خوشنویسی، قلمدان، تابلو فرش و کتاب چاپ سنگی در این مجموعه حفظ و نگهداری می‌شود. 

فضای نمایشگاهی

از ویژگی‌های موزه اختصاص 1400 متر فضا به گالری جهت برپایی نمایشگاه‌های هنرمندان و آثار شاخص هنری است، که این وسعت نمایشگاهی همواره مورد توجه جامعه‌ی هنری و برگزارکنندگان رویدادهای هنری قرار گرفته است و تا کنون برنامه‌های بسیاری از جمله همایش، نمایشگاه، جشنواره، میزگرد و نشست‌های علمی، کارگاه‌های تخصصی و... در آنجا برگزار شده است. گالری‌های موزه در 3 طبقه با گنجایش، ظرفیت و معماری متفاوت برای نمایش آثار هنری طراحی شده است. این نوع طراحی، فضایی را فراهم می‌آورد تا گالری‌ها هم به‌صورت نمایشگاه یک‌پارچه و هم به‌صورت نمایشگاه‌ها و گالری‌های مستقل در هر طبقه برای هر رویداد اختصاص یابد.

گنجینه 

موزه‌ی هنرهای دینی امام علی (ع) در کمتر از دو دهه فعالی، توانسته است گنجینه‌ای با ارزش از آثار هنرمندان صاحب نام در عرصه هنرهای تجسمی معاصر و بخش کوچکی از آثار قدمایی را جمع‌آوری کند. آثار موجود در گنجینه، مهمترین بخش و پشتوانه علمی، پژوهشی و اعتباری موزه است، که با در اختیار داشتن این آثار، سازمان فرهنگی هنری شهرداری تهران افتخار دارد امانت‌دار نمونه‌های ‌فاخر، برجسته و منحصر به فردی از بزرگان هنر معاصر ایران باشد.

کتاب‌خانه تخصصی موزه‌ی هنرهای دینی امام علی (ع)

کتاب‌خانه تخصصی موزه در فضایی به وسعت 100مترمربع شامل سالن مطالعه، مخزن، بخش مرجع، نشریات ادواری و مرکز اطلاع رسانی است که با تاکید بر منابع تخصصي هنر، هنر ديني، زندگي و وقايع مربوط به زندگی امام علي (ع) شامل شرح و ترجمه‌هاي متعددي از نهج البلاغه شکل گرفته است.

واحد پژوهش

پژوهش و تحقیق در زمینه هنرهای دینی و برگزاری همایش، میزگرد و نشست‌های تخصصی در راستای تحقق اهداف موزه از وظایف واحد پژوهش موزه است که تا کنون علاوه بر انتشار بیش از 30 عنوان کتاب و ساماندهی بیش از 400 نشست تخصصی منبع مهم و مستند و قابل توجهی برای پژوهشگران و نظریه‌ پردازان و دانشجویان هنر برای پایان‌نامه تحصیلی‌شان شده است.

کارگاه مرمت

نگهداری آثار هنری، بررسی وضعیت سلامت اثر، ترمیم آثار آسیب دیده و ایجاد شناسنامه حفاظتی و مرمتی و آسیب‌شناسی آثار موزه‌ای از مهم‌ترین مواردی است که در کارگاه مرمت موزه مدنظر قرار گرفته است.

 کافه گالری 

با هدف فراهم کردن تسهیلات جانبی برای مخاطبان، هم‌چنین بسترسازی گردهمایی هنرمندان و موزه‌داران، کافه گالری موزه در طبقه همکف راه‌اندازی شده است تا هم مخاطبان دقایقی به استراحت بپردازند و پذیرایی شوند و هم نمایشگاه‌های کوچک‌تری متناسب با اهداف موزه در این محیط زیبا ساماندهی شود.

بخشی از رویدادها و برنامه‌های ملی و بین‌المللی مهم موزه

- برگزاری جایزه‌ی هنری غدیر

- جایزه‌ی جهانی ادیان توحیدی (در رشته‌های پوستر، تصویرسازی و عکس)

- برگزاری تولد ماه (نشست صمیمانه هنرمندان به مناسبت زادروز هنرمندان پیشکسوت)

- سلسله نکوداشت‌هایی با عنوان "نقش خیال"

- نشست‌های انجمن‌های تخصصی هنری(معماری، خوشنویسی، نقاشی، گرافیک و...)

- برگزاری نمایشگاه‌های ملی و بین‌المللی در زیرشاخه‌های مختلف هنرهای تجسمی

- نمایش ادواری آثار موجود در گنجینه‌ی موزه

-جشنواره‌ی پوستر دانمارک

- نمایشگاه مکتب هنری لهستان

- برگزاری ادواری نمایشگاه و کارگاه تخصصی برای بزرگان گرافیک جهان با حضور سرآمدان گرافیک دنیا از جمله اشتفان بوندی، فین نیگارد، پیوتر کونتسه، لخ مایفسکی و ...

- نمایشگاه شکوفه‌های گیلاس و افسانه کنجی (با مشارکت سفارت ژاپن)

- نمایشگاه آثار گونتر اوکر هنرمند بزرگ آلمانی با عنوتن "کرنش به حافظ"

- ویژه برنامه "ایران از نگاه کارستن نیپور" شامل طراحی‌ها و نقشه‌های هوایی (با مشارکت سفارت دانمارک)

- نمایشگاه بانوان خوشنویس ایران و ...