شفیعی کدکنی از سال ۱۳۴۸ تاکنون (۱۳۹۵)، به درخواست دانشگاه تهران، استاد آن دانشگاه است. بدیع‌الزمان فروزانفر زیر برگهٔ پیشنهاد استخدام وی نوشته بود «احترامی است به فضیلت او». شفیعی از جمله دوستان نزدیک مهدی اخوان ثالث، شاعر خراسانی، به شمار می‌رود و دلبستگی خود را به اشعار وی پنهان نمی‌کرد.

محمدرضا شفیعی کدکنی روز پنجشنبه ۵ شهریور ۱۳۸۸ تهران را به مقصد آمریکا ترک کرد. این سفر بازتاب وسیعی در مطبوعات ایران داشت. او برای استفاده از یک فرصت مطالعاتی به مؤسسهٔ مطالعات پیشرفتهٔ پرینستون رفت تا در باب تاریخ و تطور فرقهٔ کَرامیه تحقیق کند، و پس از ۹۹ ماه دوری از وطن، به ایران بازگشت و پس از بازگشت به ایران بر سر کرسی تدریس خود در دانشگاه تهران حاضر شد.

بررسی آثار: 

شفیعی کدکنی را باید در زمره شاعران اجتماعی دانست^{[نیازمند منبع]}. او در اشعار خود تصویری از جامعه ایرانی در دههٔ ۴۰ و ۵۰ خورشیدی را بازتاب می‌دهد و با رمز و کنایه آن دوران را به خواننده نمایانده، دلبستگی و گرایش فراوان به آیین وفرهنگ ایرانی و بخصوص خراسان را نشان می‌دهد.

تصحیحات او نمونهٔ اعلای^{[نیازمند منبع]} تصحیح انتقادی متن است، اسرارالتوحید، مصیبت‌نامه، الهی‌نامه، منطق‌الطیر، اسرارنامه، مقامات و حالات ابوسعید، نوشته بر دریا (مقامات ابوالحسن خرقانی)، مرموزات اسدی در مرموزات داوودی، بهترین نمونه‌های تصحیح انتقادی متن در ادبیات فارسی هستند.

او از اندک محققین^{[نیازمند منبع]} تاریخ و ادب فارسی است که به تاریخ کرامیه پرداخته و کتابی منقح در این باب فراهم کرده‌است.

کتاب‌های دیگر او مثل موسیقی شعر، صور خیال، ادوار شعر فارسی، زمینه‌های اجتماعی شعر فارسی، از جامی تا روزگار ما امروزه از کتاب‌های کلاسیک نقد ادبی محسوب می‌شوند.

او علاقه‌مند به شعر فارسی است و علاقهٔ او به عرفان و نقد ادبی هم از همین‌جا نشأت می‌گیرد.

وی در کتاب زبان شعر در نثر صوفیه آورده است که آنچه در زبان فارسی به «آن» معروف است و می‌توان آن را جوهره جمال دانست، در زبانهای دیگر وجود ندارد. او همچنین شعر فارسی  را به خاطر مسئله ردیف که در هیچ زبان دیگری امکان کاربرد آن را نمی‌توان یافت، ممتاز دانسته است. شفیعی کدکنی همچنین در این کتاب شطح را نوعی شکستن تابوها معرفی نموده و شطحیات حلاج را به طور ضمنی با کتاب زایش تراژدی نیچه مقایسه کرده است که در هر دو به تجربه بیان «بیان ناپذیرها» پرداخته شده است. نکته تازه‌ای که ایشان در این زمینه بیان می‌کنند به ساختار شطح و اینکه اخباری باشد (مانند سبحانی ما اعظم شانی) یا انشایی (انالحق) و تأثیر متفاوت این دو بیان بازمی‌گردد. یکی از بحث‌های جذاب این کتاب پاسخ به این سؤال است که چرا شاعران عرب به اندازه شاعران فارسی‌زبان از آیات قرآن در اشعار خود استفاده ننموده‌اند. شفیعی کدکنی محور این کتاب خود را بر این عقیده که برای بسط و درک تجربه دست نیافتنی صوفی به ناچار باید از سخنان و زبانی که به کار برده است کمک گرفت، استوار نموده است و بیان می‌کند که گاه حرکت از صوت به صورت و معنی بسیار بارز است. یکی از مثالهایی که او به آن اشاره نموده شعری است از شاعری با نام علی ابن حسین مغربی که قصیده‌ای در حالت تب و هذیان سروده بدین شکل که:

دَرَن دَرَن دَرَن دَرَن دَرَن دَبی / انا علی بی الحسین المغربی

شفیعی کدکنی در این اثر خود برای شرح مفهوم سبک‌شناسی عرفانی می‌گوید: «هر نگاه هنری به الاهیات و دین» می‌تواند ویژگی‌های اسلوبی و سبکی خاص خود را داشته باشد، که همان سبک‌شناسی عرفانی‌است. وی همچنین معتقد است که در سرتاسر تاریخ فرهنگ و تمدن اسلامی، با دو گونه تصوف روبرو هستیم که یکی تصوف قبل از ابن عربی یا تصوف خراسانیست و دیگری تصوف بعد از ابن عربی، و این دو مکتب را بر روی مثلثی نشان می‌دهد که نقطه صعود یک ضلع آن مثنوی معنوی است و راس ضلع دیگر، ابن عربی است که به مرور با نزدیک شدن به عرفان قاجاری و قرن سیزدهم، با نزول همراه می‌شود.^[۲]

تاریخ گرایی در ادبیات

شفیعی کدکنی از سال‌های ۱۳۶۰ به بعد به پژوهش در تاریخ با رویکرد تصحیح متون ادبیات عرفانی روی آورد. او معتقد است حرکت به سوی مدرنیته بدون شناخت سنت دشوار است. تاریخ‌گرایی وی هر چند پشتوانهٔ تئوریک مشخصی ندارد اما سخت پای‌بند مستندسازی با متون تاریخی است.