ماهی قرمز کوچولو همراه با دوستان فراوانش در رودخانه کوچکی زندگی می‌کرد. در این رودخانه ماهی مهاجمی هم بود که همیشه زندگی آنها را تهدید می‌کرد. ماهی قرمز کوچولو راهی برای فرار از آن رودخانه پیدا کرده و به دوستانش نشان می‌دهد، اما آنها نمی‌پذیرند و یکی یکی طعمه ماهی مهاجم می‌شوند. ماهی قرمز کوچولو تنها راه دریا را در پیش می‌گیرد و در آنجا زندگی پر از خطر و شگفتی و دوستی‌های تازه‌اش را آغاز می‌کند.