همه‌ داستان‌ها از جمله کتاب «آقای ماجیکا ناپدید می‌شود» بر محور جنگِ بین خوبی و بدی و نیکی و شرارت روی می‌دهد و در یک رویارویی طولانی و طی ماجراهای زیاد، خیر مطلق در برابر شر مطلق به پیروزی می‌رسد. آقای ماجیکا (آموزگار کلاس سوم که قبل از معلمی جادوگر بوده است)، جودی، توماس و برادر دوقلویش پیت (از شاگردان کلاس سوم) نماینده‌ خیراند و همیش بیگ‌مور (شاگرد بدجنس کلاس سوم) و ویلهلمینا وارلاک (جادوگر بدکار و دشمن آقای ماجیکا) نماینده‌‌ شر. دوستی، همدلی و هوشمندی عامل موفقیت بچه‌های کلاس سوم دبستان سنت بارتی است. آن‌ها با اتحاد، کار گروهی و مسئولیت‌پذیری می‌توانند بر نیروی شر غالب ‌شوند.

کتاب «آقای ماجیکا ناپدید می‌شود» در شش فصل پیش می‌رود. بچه‌های کلاس متوجه شده‌اند که چیزی اشتباه است. این‌که آقای ماجیکا بدون خداحافظی مدرسه را ترک کند به نظر عجیب می‌رسید تا این‌که از او پیامی دریافت می‌کنند که می‌گوید توسط گروه جاسوسی جنجالی دستگیر شده است. آن‌ها مصمم هستند که او را نجات دهند. برای انجام این کار آن‌ها باید همیش بیگ‌مور و ویلهلمینا وارلاک، دشمن قدیمی آقای ماجیکا، را گول بزنند. آن‌ها سرانجام موفق می‌شوند و ویلهلمینا مجازات می‌شود که برای مدتی طولانی روی زمین بماند و به عنوان کمک‌معلم کار کند بدون این‌که اجازه‌‌ی جادوگری داشته باشد.

در پشت جلد کتاب کتاب «آقای ماجیکا ناپدید می‌شود» می‌خوانیم: «یک نفر برایم پاپوش دوخته. لطفا کمک کنید!» توماس و پیت و جودی پیامی از آقای ماجیکا دریافت می‌کنند و می‌فهمند که هیات رسیدگی به جرائم الکی او را دستگیر کرده است. آن‌ها تصمیم می‌گیرند به او کمک کنند. از بخت بد، همیش بیگ‌مور و ویلهلمینا وارلاک یک گام از آن‌ها جلوترند و می‌خواهند به آن‌ها کلک بزنند.